استخراج RNA از سلول های بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس

زمینه و اهداف: استخراجRNA با کمیت و کیفیت مناسب جهتreverse transcriptas PCR ، هیبریدیزاسیون در نورترن بلاتینگ و آنالیز بیان ژن با Real Time PCR از اهمیت بسیاری برخوردار است. در بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس پلی ساکارید های خارج سلولی محلول و غیر محلول تولید شده مانع استخراج RNA می شوند. لذا، بدون کاربرد روش مناسب برای حذف این پلی ساکاریدها روش های مولکولی مبتنی بر RNA برای این باکتری ها مقدور نیست. هدف از این مطالعه استخراج RNA از سلول های بیوفیلم استرپتوکوکوس موتانس بود. روش بررسی: برای استخراج RNA از سلول های تشکیل دهنده بیوفیلم، استرپتوکوکوس موتانس ATCC35668 و یک سویه استرپتوکوکوس موتانس جداسازی شده از پلاک دندانی استفاده شد. پس از تشکیل بیوفیلم در پلیت های میکروتیتر پلی استیرنی 24 خانه ای استخراج RNA با 3 روش انجام شد. 1: روش معمول استخراج RNA از سلول های پلانکتونیک با محلول RNX-Plus(سیناژن). 2: کیت و دستگاه HYBAID Ribolyser و لوله های حاوی انواع دانه های شیشه ای، پلاستیکی و سرامیکی به منظور لیز بهتر سلول ها. 3: تلفیقی از دو روش محلولRNX-Plus ، دستگاه HYBAID Rybolyser و لوله های حاوی انواع دانه. میانگین نسبت جذب نوری در 260.280 نانومتر هر روش با نرم افزار excel و برآورد فاصله اطمینان توافقی از خطای استاندارد مقایسه شد.یافته ها: نتایج نشان داد روش معمول برای استخراج RNA (روش 1) از سلول های پلانکتونیک مناسب نیست. استفاده از دستگاه HYBAID ribolyser و لوله های حاوی دانه های شیشه ای، پلاستیکی و سرامیکی با شکل و اندازه متفاوت، حداکثر لیز سلولی را بدون آسیب به RNA ایجاد کرد. در روش های 2 و 3 (دستگاه HYBAID ribolyser به تنهایی و همراه با محلول RNX-Plus) میانگین نسبت جذب نوری حاصل از RNA استخراج شده تفاوت معنی دار آماری با روش معمول (روش 1) نشان داد (P<0.05 ). نتیجه گیری: فناوری های مناسب در حذف پلی ساکاریدها و ایجاد حداکثر لیز سلولی موثرتر از روش های معمول استخراج RNA از سلول های بیوفیلم است. اما، استفاده از دستگاه و محلول تجاری RNX plus(روش سوم) به دلیل استفاده از محلول های ارزان تر و قابل دسترس مناسب تر است